Este régimen pudo establecerse en Kabul tras el colapso de la República en el año 1992. Después de desarmar a los civiles (armados por las organizaciones de masas del anterior régimen) y concentrar las armas en las milicias de los señores de la guerra, el Estado Islámico se caracterizó por las continuas luchas internas y la fragmentación del país, así como por la proliferación del cultivo y tráfico de opio y de la prostitución, la destrucción cultural y hasta el tráfico de órganos que eran vendidos en el extranjero.​Cuando los talibanes, una facción muyahidín, se hicieron con el control de la mayor parte del país, establecieron un gobierno rival llamado Emirato Islámico. El Estado Islámico fue expulsado de Kabul pero continuó teniendo el reconocimiento diplomático de la ONU y la mayoría de los Estados.

El Talibán (régimen de los talibanes), autodenominado como «Emirato Islámico de Afganistán»,​ es una facción política-fundamentalista islámica de Afganistán.​ La palabra proviene del vocablo árabe ṭālib, es decir, estudiante, en el sentido más general de la expresión. La forma plural, «estudiantes», se traduce del árabe al pastún en un sentido más específico como «estudiante religioso», «novicio» o «seminarista».​ Fundado por veteranos de la guerra de Afganistán contra la invasión de la Unión Soviética, en plena guerra entre grupos muyahidines, el movimiento talibán sigue una doctrina islámica basada en la ortodoxia, cuya idea de sociedad se fundamenta en interpretaciones estrictas de lo que debe ser la vida de un musulmán, con el fin de combatir el «libertinaje», considerado habitual en las sociedades occidentales. Bajo estos conceptos gobernó su país desde 1996 hasta que fue derrocado en 2001.

La primera acción militar importante de los talibanes fue en 1994, cuando marcharon hacia el norte y capturaron la ciudad de Kandahar y las provincias vecinas, perdiendo solo unas pocas docenas de hombres. Kandahar cayó del 3 al 5 noviembre. ​Las áreas en las que los talibanes surgieron no estaban bajo el control del gobierno central de Kabul, que no intervenía en los asuntos del sur de Afganistán durante ese tiempo. Durante los siguientes tres meses, esa fuerza hasta entonces desconocida, tomó el control de doce de las 34 provincias que no estaban bajo control del gobierno central, logrando el desarme de una población que se encontraba «fuertemente armada». Las milicias dominaron las diferentes áreas a menudo sin luchar.​ Con el firme apoyo de Pakistán, Arabia Saudí y Osama Bin Laden, que luego formaría la organización Al Qaeda, los talibanes se dedicaron posteriormente a la conquista de Kabul, donde por primera vez se enfrentaron a las tropas del señor de la guerra Ahmed Shah Massoud, que en ese momento controlaba partes de la capital y algunas provincias en el norte y el este de Afganistán. Durante las semanas siguientes Massoud infligió a los talibanes su primera derrota militar importante. Algunos meses más tarde, sin embargo, después de que fuerzas talibanes hubieran vuelto a rodear la capital, Massoud ordenó la retirada de Kabul el 26 de septiembre de 1996. Massoud y sus tropas se retiraron hacia el noreste de Afganistán.​

A principios de 2001 Massoud empleó una doble estrategia de presión militar local y llamamientos políticos a nivel mundial. Sus planes eran que sus aliados realizaran pequeñas revueltas en las áreas donde la población quería levantarse contra los talibanes. El resentimiento era cada vez mayor contra el régimen talibán dentro de la sociedad afgana, incluidas las zonas pastunes.​ En el año 2001 un millón de personas habían huido de los talibanes, muchos a los territorios dominados por Massoud donde solicitaban su protección. Se creo un gran problema humanitario porque no había suficiente comida para la población residente y los refugiados. A principios de 2001 Massoud y un periodista francés describieron la situación amarga de los refugiados y pidieron ayuda humanitaria al Parlamento Europeo . Es más, Massoud, llegó a advertir que sus agentes de inteligencia tenían indicios sobre inminente ataque terrorista a gran escala en territorio de Estados Unidos. Massoud, que en ese momento tenía 48 años, fue el blanco de un ataque suicida consumado por dos extremistas árabes en Khwaja Bahauddin, provincia de Takhar, en el noreste de Afganistán el 9 de septiembre de 2001.​

Después de los ataques del 11 de septiembre, Estados Unidos solicitó a la comunidad internacional respaldar una invasión para controlar Afganistán en base al apoyo talibán a Al Qaeda. El Consejo de Seguridad y la OTAN la aprobaron declarándola como una campaña en defensa propia en respuesta a un ataque armado. ​El 21 de septiembre, los talibanes respondieron al ultimátum, prometiendo que si Estados Unidos aportaba pruebas de que Bin Laden era culpable, ellos lo entregarían, afirmando que no tenían pruebas que lo vincularan al 11 de septiembre. El 22 de septiembre, los Emiratos Árabes Unidos y después Arabia Saudita retiraron el reconocimiento a los talibanes como gobierno legítimo de Afganistán, dejando el vecino Pakistán como el único país con relaciones diplomáticas establecidas.

El 7 de octubre, menos de un mes después de que cayeran las torres, Estados Unidos, ayudado por Reino Unido, Canadá y otros países entre ellos varios de la alianza de la OTAN, iniciaron la acción militar, el bombardeo a los talibanes y los campamentos relacionados con Al Qaeda.​ La intención declarada de las operaciones militares era eliminar a los talibanes del poder y evitar el uso de Afganistán como base de operaciones terroristas. ​Una élite de la CIA, las unidades de la División de Actividades Especiales (SAD), fueron las primeras fuerzas de EE. UU. que entraron en Afganistán y se unieron a la Alianza del Norte para preparar la posterior llegada de las fuerzas de Operaciones Especiales de EE. UU. La Alianza del Norte, con el SAD y las Fuerzas Especiales, se coordinaron para derrocar a los talibanes con un número mínimo de bajas y sin el uso de fuerzas terrestres convencionales.

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